Pada bulan Oktober 1529, Philipp I, Landgraf Hessen, mengadakan suatu pertemuan majelis teolog-teolog Jerman dan Swiss pada Musyawarah Marburg, untuk membentuk kesatuan doktrin dalam negara-negara Protestan yang baru timbul.[155] Kesepakatan dicapai dalam empat belas dari lima belas pokok, pengecualiannya adalah hakikat dari Perjamuan Kudus (Ekaristi) – sakramen Perjamuan Tuhan—suatu isu penting bagi Luther.[156]

Para teolog, termasuk Ulrich Zwingli, Philipp Melanchthon, Martin Bucer, dan Yohanes Oecolampadius, berbeda pendapat dalam hal signifikansi kata-kata yang diucapkan oleh Yesus dalam Perjamuan Malam Terakhir: "Inilah tubuh-Ku, yang diserahkan bagi kamu" dan "Cawan ini adalah perjanjian baru yang dimeteraikan oleh darah-Ku" (1 Korintus 11:23–26).[157] Luther bersikeras pada Kehadiran Nyata tubuh dan darah Kristus dalam roti dan anggur yang dikuduskan, yang disebutnya persatuan sakramental,[158] sementara para seterunya meyakini bahawa Tuhan sekadar hadir secara rohaniah ataupun simbolis.[159]

Zwingli, sebagai contoh, menyangkal kemampuan Yesus untuk berada di lebih dari satu tempat pada satu waktu bersamaan. Sedangkan Luther menekankan omnipresensi (kehadiran di mana-mana pada saat bersamaan) kodrat manusia Yesus.[160] Menurut transkrip-transkrip, perdebatan tersebut sesekali berubah menjadi konfrontatif. Mengutip perkataan Yesus bahawa "daging sama sekali tidak berguna" (Yohanes 6:63), Zwingli berkata, "Bagian ini mematahkan lehermu". "Jangan terlalu bangga," balas Luther, "Leher-leher Jerman tidak semudah itu patah. Ini Hessen, bukan Swiss."[159] Di atas mejanya Luther menulis kata-kata "Hoc est corpus meum" ("Inilah tubuh-Ku") dengan kapur tulis, untuk tetap menunjukkan pendiriannya yang kukuh dalam hal ini.[161]

Meskipun terdapat ketidaksepakatan dalam hal Perjamuan Kudus, Musyawarah Marburg membuka jalan bagi penandatanganan Pengakuan Iman Augsburg, dan bagi pembentukan Liga Schmalkaldis pada tahun berikutnya oleh para bangsawan Protestan terkemuka seperti Johann dari Sachsen, Philipp dari Hessen, dan Georg, Markgraf Brandenburg-Ansbach. Bagaimanapun, kota-kota Swiss tidak menandatangani kesepakatan-kesepakatan tersebut.[162]